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用R分析數(shù)據(jù)(用r分析數(shù)據(jù)處理數(shù)據(jù))
大家好!今天讓創(chuàng)意嶺的小編來大家介紹下關(guān)于用R分析數(shù)據(jù)的問題,以下是小編對此問題的歸納整理,讓我們一起來看看吧。
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本文目錄:
一、R為什么比Excel更適合做數(shù)據(jù)分析
我從事數(shù)據(jù)分析工作已經(jīng)有十年之久。最初是出于工作需要,我的經(jīng)理給我一堆數(shù)據(jù),我需要處理這些數(shù)據(jù)。當時我一直使用的工具是 Excel,因為這是我熟練掌握的一款工具。三年前,我開始接觸到 R,一開始因為功能太多而堅決抵制使用。后來我開始琢磨如何使用?,F(xiàn)在我基本不怎么使用 Excel 了。
這只是我個人的觀點,但是如果你要分析數(shù)據(jù),R 更勝任這項任務(wù)。下面來說說為什么 R 更適合數(shù)據(jù)分析。
R與Excel在數(shù)據(jù)分析當中的優(yōu)劣勢對比
這兩款工具的使用方法截然不同。使用 Excel 時,可以通過鼠標點擊完成大部分工作,你可以訪問界面內(nèi)不同位置的各種工具。因此 Excel 非常便于使用(熟能生巧),但是用 Excel 處理數(shù)據(jù)非常費時,而且如果接手一個新項目,你必須單調(diào)地重復(fù)這些流程。使用 R 時,則通過代碼完成所有操作。你把數(shù)據(jù)載入內(nèi)存,然后運行腳本來研究并處理數(shù)據(jù)。這個工具可能不夠人性化,但是有以下幾點好處。
我認為,從概念上來說,R 更便于使用。如果你在處理多列數(shù)據(jù),雖然你只是在處理單個任務(wù),但是卻會看到所有的數(shù)據(jù)。而使用 R 時,數(shù)據(jù)都在內(nèi)存中,只有調(diào)出數(shù)據(jù)才能看到。如果你在轉(zhuǎn)換或計算,你會處理相關(guān)列或行的子集,其他所有數(shù)據(jù)都在后臺。我覺得這樣更便于關(guān)注手頭的任務(wù)。完成任務(wù)后,可將其保存在某個數(shù)據(jù)幀中,其中只包含所需的列或行數(shù)據(jù)。你建立了正確的數(shù)據(jù)集,可解決當前的問題。這樣做看似無關(guān)緊要,但實際上大受裨益。
借助 R,就可以對其他數(shù)據(jù)集輕松重復(fù)相同的操作。因為所有數(shù)據(jù)都是通過代碼進行處理和研究,因此對新的數(shù)據(jù)集執(zhí)行相同的操作也就輕而易舉了。使用 Excel 時,大多數(shù)操作都是通過鼠標點擊實現(xiàn),雖然用戶體驗不錯,但對新的數(shù)據(jù)重復(fù)操作卻非常費時而枯燥。而 R 只需載入新的數(shù)據(jù)集,然后再次運行腳本即可。
實際上,用代碼操作也便于診斷并共享你的分析結(jié)果。使用 Excel 時,大多數(shù)的分析結(jié)果都基于內(nèi)存(數(shù)據(jù)透視表在這里,公式編輯器在另一個表格上等)。而在 R 中,通過代碼執(zhí)行所有操作,一目了然。如果你在修正一個錯誤,你很清楚在哪里操作,而如果你需要共享分析結(jié)果,只需復(fù)制粘貼代碼即可。在線查找?guī)椭鷷r,你能準確說明所用數(shù)據(jù),并提出具體的問題。事實上,大多數(shù)時候,你在線提問時,人們都是直接貼出準確的代碼,來解決你的問題。
R 中的項目組織更簡單。在 Excel 中,我要準備一系列表格,可能還要準備多個工作簿,然后適當命名,而且各文件名不得重復(fù)。我的項目備注分別保存在各個文件中。我的 R 項目組織單獨設(shè)有一個文件夾,我處理過的所有內(nèi)容都放在其中。清理數(shù)據(jù)、探索性圖表及模型。這樣便于我理解和查找,也為與我一起工作的其他人提供方便。當然,Excel 也能做到井井有條。我覺得 R 的簡潔性更便于使用。
上述幾點只能說是錦上添花,而并不是必不可少。在沒有這些功能之前,我也用了好幾年 Excel,你應(yīng)該也一樣?,F(xiàn)在,我想講講 R 和 Excel 真正的區(qū)別。我想說的是,除了以上那些花哨的小優(yōu)勢之外,R 更適合用于數(shù)據(jù)分析。原因如下。
你可以把任何數(shù)據(jù)載入 R。數(shù)據(jù)的保存位置或保存形式并不重要。你可以載入 CSV 文件,也可以讀取 JSON,或者執(zhí)行 SQL 查詢,抑或提取網(wǎng)站。你甚至還可以在 R 中通過 Hadoop 處理大數(shù)據(jù)。
R 是一個完整的工具集,使用的是數(shù)據(jù)包。在分析數(shù)據(jù)時,R 比 Excel 更實用。你可使用 R 執(zhí)行數(shù)據(jù)管理、分類和回歸,也可以處理圖片,并執(zhí)行其他所有操作。如果機器學(xué)習(xí)是你的專業(yè),那能想到的任何算法都是小菜一碟。目前,R 可用的數(shù)據(jù)包逾 5,000 個,因此無論你要處理什么類型的數(shù)據(jù),R 都能應(yīng)付自如。
R 的數(shù)據(jù)可視化效果非常卓越。說句實話,Excel 的圖表非常出色,簡單易懂。但 R 的效果更好。我覺得這是 R 最實用的功能之一。借助 ggplot2,你可以快速創(chuàng)建所需的各種圖表,并根據(jù)圖表形狀自行調(diào)整。在你熟悉了如何用 ggplot2 創(chuàng)建一個圖表后,任何其他圖表都不在話下。ggplot2 還能制作更多類型的圖表。你能用 Excel 創(chuàng)建散點圖矩陣嗎?用 R 就能輕松創(chuàng)建這種矩陣,CDF plot 也是如此。Excel 棋差一招。
Git 版本控制。我一向習(xí)慣保存多個版本的分析結(jié)果。Git 是至今為止我找到的最好用的工具。我使用 RStudio 作為編輯器,其支持項目。創(chuàng)建一個項目倉庫,然后你就能跟蹤數(shù)據(jù)研究的不同版本。你可以創(chuàng)建不同版本的 Excel 文件,但是這些保存的二進制文件無法顯示相互之間的更改部分。而 R 非常簡單。
我已經(jīng)說了很多理由??傊珽xcel 是一款不錯的數(shù)據(jù)分析工具。我相信它能不負眾望完成所有任務(wù)。但是,如果你只有這一款工具,則會大大影響你的工作效率。相比之下,R 更好用,而且提供的工具集模塊更完整。而缺點在于不是非常易于上手,用戶一開始相對要花很多時間學(xué)習(xí)使用。如果堅持下去,就會有所收獲,不僅對數(shù)據(jù)更了解,還提高了自己的能力。
二、數(shù)據(jù)分析用r還是python
使用Python:
Python最初是作為用于軟件開發(fā)的編程語言開發(fā)的(后來添加了數(shù)據(jù)分析工具),因此具有計算機科學(xué)或軟件開發(fā)背景的人們可能會更舒適地使用它。
因此,從其他流行的編程語言(例如Java或C ++)到Python的過渡比從那些語言到R的過渡容易。
使用R:
R有一組稱為Tidyverse的軟件包,這些軟件包提供了功能強大但易于學(xué)習(xí)的工具,用于導(dǎo)入,操作,可視化和報告數(shù)據(jù)。使用這些工具,沒有任何編程或數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(至少是軼事)的人可以比Python更快地提高生產(chǎn)力。
總體而言,如果我們或我們的員工沒有數(shù)據(jù)分析或編程背景,R可能更有意義。
三、用R語言對vcf文件進行數(shù)據(jù)挖掘.11 CNV分析
目錄
在之前的文章里介紹了如何通過直方圖來可視化等位雜合堿基的比例來判斷物種的染色體倍數(shù)性。在本文里會繼續(xù)向下挖掘,介紹如何可視化染色體上的拷貝數(shù)變化(CNVs)。
和前文一樣的操作,使用包自帶的數(shù)據(jù)。
我們需要去除過高和過低深度的數(shù)據(jù)。和前文的操作一樣,提取vcf文件里的深度數(shù)據(jù)"AD"。
然后過濾出10%~90%的數(shù)據(jù),當然此處可以根據(jù)實際情況進行微調(diào)。然后對第一種出現(xiàn)頻率最高的堿基進行可視化。(一般情況下一個位點上會有兩種堿基,具體參考前文。)
同樣也可以對出現(xiàn)頻率第二高的堿基進行同樣的操作,這里節(jié)約篇幅就省略了。
為了避免復(fù)雜的基于AD比例的模型假設(shè),程序里設(shè)計了非參數(shù)估計法來計算峰值。計算完了以后可以直接對染色體進行拆分以后可視化進行校驗。
根據(jù)尺寸把染色體分割成合適的大小
然后用 freq_peak 函數(shù)計算峰值。并對數(shù)據(jù)進行處理,去掉負數(shù)和Na值。
計算到此為止,可以可視化實際數(shù)據(jù)來驗證計算的正確性。
仔細想一下,峰值計算的結(jié)果其實就是CNV的結(jié)果。這里根據(jù)窗口大小把染色體分成了若干段。(那么是不是可以給每一段 CDS進行細分然后計算出每一個CDS的具體數(shù)字呢????)
當然也可以把所有樣本組合到一起。
四、如何用r語言分析兩個變量是否有影響
對于用r語言分析兩個變量是否有影響,就是用r語言來分析兩個變量之間的關(guān)系,這個問題相對專業(yè),很難解釋,就大概說一下分析過程以供參考。
1、想要分析數(shù)據(jù),首先要讀取數(shù)據(jù);
2、把數(shù)據(jù)做成直觀圖示,再進行兩者之間的統(tǒng)計量分析;
3、用r語言計算兩個變量的相關(guān)系數(shù)函數(shù);
4、進行假設(shè)、驗證,最終得出兩個變量之間的關(guān)系,看兩者是否有影響。
以上就是關(guān)于用R分析數(shù)據(jù)相關(guān)問題的回答。希望能幫到你,如有更多相關(guān)問題,您也可以聯(lián)系我們的客服進行咨詢,客服也會為您講解更多精彩的知識和內(nèi)容。
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